Το Περιφερειακό Τμήμα Πρωτοκόλλου ανήκει διοικητικά στη Διεύθυνση Ανθρώπινου Δυναμικού και Διοίκησης του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων. Αποτελεί το Πρωτόκολλο των Τμημάτων και των υπηρεσιών του πρώην ΤΕΙ Ηπείρου και είναι υπεύθυνο για τη διαχείριση των εγγράφων από την παραλαβή τους μέχρι τη διανομή καθώς και την αρχειοθέτησή τους. Το Περιφερειακό Τμήμα Πρωτοκόλλου συνδέεται με το πρόγραμμα του κεντρικού Πρωτοκόλλου του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων όπου τηρούνται ψηφιοποιημένα όλα τα έγγραφα που διακινήθηκαν μέσω του Τμήματος από την συνένωση του πρώην ΤΕΙ Ηπείρου με το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων (2018) έως σήμερα.

Το Περιφερειακό Τμήμα Πρωτοκόλλου βρίσκεται σε συνεχή επικοινωνία με τις γραμματείες των τμημάτων της Άρτας, Πρέβεζας, Ηγουμενίτσας καθώς και τις γραμματείες των τιμημάτων των Ιωαννίνων που ανήκαν στο πρώην ΤΕΙ όπως και με τις υπηρεσίες που λειτουργούν στην Άρτα, και διαχειρίζεται την εισερχόμενη και εξερχόμενη αλληλογραφία αυτών.