Στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων πραγματοποιείται έρευνα σε όλους τους τομείς και γνωστικά αντικείμενα που καλύπτονται από τα Τμήματα και τις Σχολές του Ιδρύματος, και λειτουργεί Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.), με αντικείμενο τη διαχείριση και αξιοποίηση των κονδυλίων επιστημονικής έρευνας, εκπαίδευσης, κατάρτισης, τεχνολογικής ανάπτυξης και καινοτομίας, καθώς και την παροχή συναφών υπηρεσιών, προς επίτευξη του σκοπού του.
Οι χρηματοδοτούμενες ερευνητικές δραστηριότητες του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων διενεργούνται μέσω του Ε.Λ.Κ.Ε., συντονίζονται από την Επιτροπή Ερευνών του Ε.Λ.Κ.Ε. του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και υποστηρίζονται από τη Διεύθυνση Οικονομικής και Διοικητικής Υποστήριξης του Ε.Λ.Κ.Ε..
Σκοπός του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων (εφεξής Ε.Λ.Κ.Ε.), είναι η διαχείριση και διάθεση κονδυλίων που προέρχονται από οποιαδήποτε πηγή, καθώς και από ίδιους πόρους του και προορίζονται για την κάλυψη δαπανών, οποιουδήποτε είδους, που είναι απαραίτητες για τις ανάγκες εκτέλεσης έργων ερευνητικών, εκπαιδευτικών, επιμορφωτικών, αναπτυξιακών, καθώς και έργων συνεχιζόμενης κατάρτισης, σεμιναρίων και συνεδρίων, παροχής επιστημονικών, τεχνολογικών και καλλιτεχνικών υπηρεσιών, εκπόνησης ειδικών και κλινικών μελετών, εκτέλεσης δοκιμών, μετρήσεων, εργαστηριακών εξετάσεων και αναλύσεων, παροχής γνωμοδοτήσεων, σύνταξης προδιαγραφών για λογαριασμό τρίτων, σχεδιασμού και υλοποίησης επιστημονικών, ερευνητικών, πολιτιστικών και αναπτυξιακών προγραμμάτων ως και άλλων συναφών υπηρεσιών, προς όφελος του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.
Ο Ε.Λ.Κ.Ε. του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων είναι διακριτή νομική και οικονομική οντότητα από αυτή του Α.Ε.Ι., χωρίς νομική προσωπικότητα, και αποδίδεται σε αυτόν διαφορετικός Αριθμός Φορολογικού Μητρώου (ΑΦΜ).
Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται σε διεπιστημονικά προγράμματα εφαρμοσμένης έρευνας που ενδιαφέρουν την ελληνική βιομηχανία, οικονομία και κοινωνία. Η έρευνα χρηματοδοτείται μέσω διαφόρων Επιχειρησιακών Προγραμμάτων (Α’, Β’, Γ’ ΚΠΣ, ΕΣΠΑ 2007-2013, ΕΣΠΑ 2014-2020, κλπ), από Προγράμματα Εδαφικής Συνεργασίας, από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή (FP6, FP7, HORIZON 2020, κλπ), καθώς επίσης και από τον ιδιωτικό τομέα.
Επίσης, πολλά ερευνητικά προγράμματα διεξάγονται στο πλαίσιο διακρατικών συνεργασιών μεταξύ ομάδων του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και αντίστοιχων ομάδων ιδρυμάτων, επιχειρήσεων και οργανισμών άλλων χωρών, τόσο εντός όσο και εκτός της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Οι δραστηριότητες αυτές εκτελούνται από το προσωπικό του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, με τη συνεργασία πρόσθετου άλλων ειδικών επιστημόνων και εξωτερικών συνεργατών.
